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2011年2月27日までに、環境省では海、湖沼、河川の水質環境基準として新たに「透明度」、「下層溶存酸素量」、「大腸菌数」を2013年度より追加するための検討を開始した。この基準値の追加は、従来の公害による水質汚染重視から生態系など生物多様化維持を意識する方向の変換といえるものである。（参考：環境省の河川水質調査　環境基準達成率87.6％で過去最高）

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現在の水質環境基準は1971年に制定されたものである。当時は、公害問題などにより、工場廃水などの汚染に対する調査に重心がおかれていた。主に指標とされていたものは、水質の有機的汚染状況表す「化学的酸素要求量（ＣＯＤ）」、「生物化学的酸素要求量（ＢＯＤ）」が代表的なものであった。しかし、現在は各地で水質の安定化が見られている。実際2009年度においては全国の調査対象となった海、湖沼、川の環境基準達成度は87％の高さとなっている。この達成率の高さが今回の基準の見直しに繋がった一因ではないかと考えられる。

今回の追加が予定される新基準は、生物多様化などの生態系に関し考慮した物となる。その新指標として検討されているものが「透明度」、「下層溶存酸素量」、「大腸菌数」である。透明度と下層溶存酸素量は、海、湖沼に適用。大腸菌数は河川と湖沼に適用するという方針である。
つまり、従来の基準をクリアしていたとしても、透明度が低いため、下層の水生植物の光合成に支障があることや、下層の酸素濃度が低いため、そこを生息域とする生物種が減少するなどのケースは、その問題が指摘される可能性が高くなることになる。

今後は単純な水質汚染というだけではなく、その水環境における生態系の維持も水質維持には大切な考え方となっていくであろう。