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滋賀県琵琶湖環境科学研究センター（大津市）では新型の水中探索ロボットを導入して琵琶湖底の実態解明に努めているが、2013年3月12日にも「瀬田川プランクトン調査結果速報」が発表された。
（参照：滋賀県大津市で「先進陸水海洋学会」が開催－世界最大　淡水と海洋についての研究発表）

Image from滋賀県琵琶湖環境科学研究センターホームページ

それによると、最も数が多かった種類（優占種）は植物プランクトンでAsterionella formosa珪藻綱（ホシガタケイソウ）、動物プランクトンでRaphidocystis sp.　太陽虫類（ラフィドキスティス）という結果が出ている。

日本随一の規模を誇りながら、これまで本格的な調査が行われていなかった琵琶湖だが、2012年9月には琵琶湖固有のヨコエビ「アナンデールヨコエビ」の死骸が1平方メートルあたり約500匹見つかるなど、意義深い発見が相次いでいる。