国土交通省は７月２９日に、全国の１級河川１６５本、９１０地点について２００９年の水質ランキングを発表した。北海道が最多の４河川で、尻別川、後志利別川（しりべしとしべつがわ）、鵡川（むかわ）、沙流川（さるがわ）。他に、姫川（新潟）、黒部川（富山）、宮川（三重）、川辺川（熊本）の４河川。合わせて８河川が１位となった。

１位となった８河川は、水の汚染度の指標である生物化学的酸素要求量（ＢＯＤ）の年間平均値が、１リットル当たり１ミリグラムを大幅に下回る０・５ミリグラムだった。これは、「人の手が入っていない河川並み」というレベルに当たる。更に、黒部川、宮川、川辺川の３河川はは４年連続、姫川は２年連続で１位となった。

ワースト５は、いずれも都市部を流れる河川だ。綾瀬川、中川（いずれも埼玉・東京）、大和川（大阪・奈良）、猪名川（大阪・兵庫）、鶴見川（神奈川）で、このワースト５はその範囲の順位変動はあったものの、前年と同じ河川が並んだ。ただし、いずれの河川もＢＯＤ値は改善しており、過去１０年間の水質の改善幅は綾瀬川、大和川、鶴見川がトップ３となっている。

調査対象となった地点のうち、ＢＯＤなどの指標が環境基準を満たした地点は９１０地点中、８７６地点となり９６％に達した。国土交通省は「下水道の整備が進み、全体に改善傾向にある」としている。